一、代谢组学分析流程。
一般情况下，代谢组组分的分析过程是：先对代谢组分进行预处理，预处理方法由测定分析确定，如采用质谱分析，则需先分离分离，再离子化。然后对预处理后的成分进行了定性和定量分析。
在预处理方面，常用的分离方法有：气相色谱(Gaschromatography,GC)、Highperformanceliquidchromatography,HPLC)。GC虽然分辨率高，但需气化代谢组分，且组分分子质量受到一定限制。HPLC也被广泛应用于代谢组分析，因为HPLC将代谢组分从液相中分离出来，因此不必对组分进行气化，相比气相色谱测量范围更广、灵敏度更高。另外，毛细管电泳法(Capillaryelectrophoresis)也能分离代谢组分，虽然在理论上比高效液相色谱法更有效。
前处理过程中，经常会加入内参(internalstandards)，以便后续监测和对比样品的质量，因实验批次、样品顺序的不同，对后续测量也会产生一定影响，因此，也会加入空对照和混合样品对照来进行质量监控。
定性和定量分析不同代谢组分的方法包括质谱分析(Massspectrometry,MS)和NuclearMagneticResonanceImaging,NMR等。其中，质谱分析法因其灵敏度高、特异性强而被广泛用于代谢组分的检测，并能对经分离、离子化处理后的代谢组分进行定性、定量分析。离子化的方法包括：大气压化学电离(Atmospheric-pressurechemicalionionization,EI)和电喷雾电离(Electrosprayionization,EI)，以及电喷雾电离(ESI)等，需要根据不同的分离方法来选择。如电喷雾化离子化，常用于用液相色谱分离成分。但是，质谱不能直接用于生物溶液或组织检测，因此其应用一直受到限制。
为提高原质谱分析方法的可信度，简化样品制备，减少背景影响，出现了一些新的质谱相关技术。其中包括：二次离子质谱(Secondary-ionmassspy-ionmetry,SIMS)和纳米结构引发器质谱(Nanoyucty-InitiatorMS,NIMS)，它们都属于非吸附/离子化方法，两者都不依赖于原子原子化。SIMS利用高能离子束使样品在接触表面解吸，具有高空间分辨率的优点，是一种应用于组织/组织造影的强有力技术。利用NIMS可以检测出小分子。激光辅助脱附电离技术(Lix-assistedlaserdesorption/ionization,MALI)是一种较温和的离子化方法，它可以获得一些完整的大分子质谱信息，如DNA、蛋白质、多肽和糖等，这些信息通过常规离子化方法很容易分解为碎片。
分析电喷雾离子化(Desorphelsrosprayionization,DESI)是一种直接离子化技术，可直接用质谱后的样品在大气条件下进行分析。该方法以快速移动的溶液流从接触表面提取样品，可用于取证分析、药物、植物、生物组织、高分子等的分析。激光性电蚀电离技术(LAESI)是一种直接电离技术，它结合了中红外线激光电离和二次电喷雾电离技术，可广泛应用于植物、组织、细胞，甚至血液、尿液等未经处理的生物溶液。已经应用于食品管理，药品管理和其他领域。不需要事先分离代谢组分，而核-质谱相较于质谱，具有结果重复性好、样品制备简单、无需事先分离、对样品破坏性小等优点，而且虽然核-质谱相较于质谱相较于质谱有较大的争议，部分学者认为这是样品预处理过程错误所致，但是由于其使用方便，应用也很广泛。
此外，还有其它的检测方法：离子迁移率光谱(Ion-mobilitysploometry,IMS)，这是一种以离子化分子在气相载体上的迁移为基础的技术，用于分离和分析这些分子，这种技术非常高，可以单独使用，也可用于质谱、气相色谱或液相色谱法。电化学检测器的高效液相色谱法(HPLC-ECD)，可用于对复杂电子元器件中的低含量进行测量，该方法易用，具有高灵敏度，高选择性，高灵敏度，可广泛应用于临床研究，食品检验，药品检验等领域。以振动光谱法为基础的拉曼光谱(Ramanspsroscopy)，可以探测化合物的结构及其微小变化，具有样品不受破坏，样品预处理简单，空间分辨率高等优点，已在临床病理学研究，微生物分类与检测，化合物分析等方面得到广泛应用。
二、代谢组学相关数据库(常用软件)
与代谢组学相关的常见数据库有人类代谢组数据库(HumanMetabolomeDatabase,HMDB)、KEGG数据库、Reactome数据库(http://www.reactome.org)等，一一介绍如下：人类代谢组数据库(HMDB)是代谢组学的热门数据库之一，包含人体内发现的小分子代谢物的详细信息，包括不少于79,650种代谢物条目。SMPDB数据库与HMDB相关，包含了大约700种人类代谢和疾病途径的图谱。KEGG数据库是热门的代谢组库之一，包含了代谢途径和网络信息的互作。Reactome数据库主要收集人体主要代谢途径的信息和重要反应。MassBank数据库主要收集多个高分辨率低代谢组分的谱图。
BioCyc数据库包含途径和基因组数据。METLIN数据库，是商业的代谢组群和串联质谱数据库，包含大约43000种代谢物和22000个MS/MS谱图。FiehnLib数据库是商业的代谢组库，包含大约1000个保守代谢分子的EI谱。
NIST/EPA/NIHMassSpectralLibrary数据库也是商业的代谢组数据库，其中有190,000多个EI谱图。BioCyc数据库收集途径和基因组数据，可免费使用。MetaCyc数据库广泛收集了多种代谢途径和酶方面的信息，已收录了51000多篇文献。MMCD数据库收集了10000多种代谢物的信息，包括它们的质谱和核磁共振谱数据，大部分是拟南芥的代谢产物。
